نخستین بار در سال 1753 میلادی نام علمی گوجه‌فرنگی توسط کارل لینه گیاه‌شناس سوئدی Solanum lycopersicum معرفی و شرح داده شد. سپس همین گیاه در سال 1768 توسط فیلیپ میلر Lycopersicon esculentum شناسانده شد؛ اما طبق آخرین تحقیقات گیاه‌شناسی همان نام لینه برای این گیاه پذیرفته شده و نام اعلامی میلر، مترادف شده است.
آوردن واژه‌های Persicum در نام گونه لینه و Persicon در نام جنس میلر، ریشه در نام علمی هلو (Persica vulgaris)دارد، زیرا خاستگاه هلو را ایران دانسته‌اند. در نام علمی گوجه‌فرنگی واژه Lyco به معنی گرگ است و منظور از Persica هلو بوده است که ترجمه آن «هلوی گرگ» می شود، اما نام انگلیسی آن «توماتو» و فارسی آن «گوجه‌فرنگی» است.
منشأ گوجه‌فرنگی، غرب قاره امریکای‌جنوبی بوده است و اسپانیایی‌های استعمارگر، بذر آن را به اروپا آوردند. نخستین‌بار در حدود 150سال پیش، بذر این گیاه توسط حسین‌علی‌خان معیرالممالک (داماد فتحعلی شاه قاجار) از اروپا به ایران آورده شد. وی دستور داد آن را باغ شخصی‌اش بکارند. باغ فردوس، محله‌ای از شمیران و در نزدیکی تجریش است که در حاشیه خیابان ولیعصر واقع شده و باغ معیرالممالک بوده است و هم‌اکنون موزه سینمای ایران در آن قرار دارد.
در ابتدا محصول این گیاه با نام گوجه‌فرنگی، مصرف اَشرافی داشت و سپس در بین مردم رواج یافت و با اقبال عامه مواجه گردید و تازه، خشک و رُبّ آن، از همان زمان وارد آشپزی ایران شد. واژه «پامادور» در گویش گیلکی و «بامادور» در گویش شمال‌خراسان، برگرفته از نام روسی آن است که یادگاری از دوران اشغال شمال ایران توسط ارتش روس بوده است. ربّ گوجه‌فرنگی را در شمال خراسان «تامات» (برگرفته از توماتو) می‌گفتند.
